Chimie și Tehnologie Chimică
Aceste cărți sunt adesea numite cărți Ramachandran. a este o hartă a glicinei fără un lanț lateral. utilizând un model de sfere dure cu distanțe de contact normale și cu limită inferioară (---). citate în Tabelul. 2.1. În anumite zone, sunt indicate contactele interzise. Notația atomilor este dată în Fig. 2.2. b - harta aminoacizilor. conținând atomi, construite folosind același model de sfere dure. Se indică conformațiile spirală dreaptă, foaia P-fold și colagenul. S-au observat dificultăți serioase. cauzate de un atom atomic, care reduc o regiune mare de glncin la figura indicată a unei regiuni mai mici. Trei suprafață permise denumite uneori - o elice dreapta, iar zona din jurul pictogramei, al - o regiune din stânga-helix (0, 1))) (-1-60) e 60 -l-- alungite lanț. în jurul pictogramei p. Presupunând că modelul de sfere dure (- - - --- raze normale raze corespunzătoare mai mici limite) suprafață specificate permise pentru poli-L-Numere alaiina. Conformația prezentată în Fig. 2,6, x desemnate, o conformație corespunzătoare poli-L-proliiu I (complet cis) este notat ca x, încercuite. [C.31]
Diblurile dihedrale ale lanțului principal pentru aproximativ 2500 de reziduuri din 13 proteine [30]. Această carte este uneori numită cardul Ramachandran. [C.32]
Grăitor, parametrii conformationale lanțului polipeptidic convenabil reprezentată cu carduri oferite de G. Ramachaidra Mr. 1963 (hartă Ramachandran) și care reflectă echilibrul puterii și dependența de parametrii (Fig. 36). valori ale unghiului ((și reprezentate grafic pe axele de la -180-180 în puterea interacțiunii dintre deputații din unghiurile lanțului de peptide și nu pot avea orice valoare. - să fi ele însele doar câteva zone discrete (afișate în culoarea mai închisă pe hartă), care corespund permis conformații energetic favorabile ale lanțului peptidic. t. e. în esență, sunt domeniile energiei minime. ele sunt destul de compacte localizare sugerează că unghiurile și I- sunt interconectate, o schimbare într-una dintre ele va conduce doua schimbare., de exemplu, Emer, dacă unghiul ip devine o valoare în intervalul de 60 - I20, atunci unghiul de valoare energetic favorabil nu este mai mare - 60 „[c.87].
Conformarea proteinei și a peptidei realizată în condițiile date este determinată de suma tuturor interacțiunilor enumerate și este energetic cea mai profitabilă. care se reflectă prin introducerea de unghiuri corespunzătoare în regiunile permise ale hărților co-formaționale Ramachandran. [C.91]
I5 0 ° corespunde energiei puțin peste 1 kcal / mol și, prin urmare, este complet permisă (pe harta Ramachandran această regiune este interzisă, totuși, există câteva puncte experimentale în ea). Spațiul delimitat de contur în 1 kcal / mol ocupă 60% din hartă, în timp ce aria cuprinsă în limitele extreme acoperă 61% din spațiul total (φ, π)). Energia minimizată este de forme pliate, care pentru o anumită [c.372]
Limitele mobilității conformațională a peptidelor sunt relativ mici - (. Vezi razd.1.4.2) acestea sunt posibile în cadrul zonei permise energetic indicată în hărțile Ramachandran. Modificări conformaționale în centrele active [c.285]
Conformațiile liganzilor corespund regiunilor permise pentru unghiurile φ și φ de pe diagramele Ramachandran (comparați tabelul 70 și figura 7). Diferențe notabile în. pot fi observate conformații pentru lanțurile laterale. dar diferența dintre energiile acestor conformații este de obicei mică. Astfel, formiltriptofanul inelului aromatic, după legare, se rotește cu aproximativ 60 ° față de condiția optimă [c.286]
Articole similare
Trimiteți-le prietenilor: