Selectarea implementării MPI
Pentru a selecta mediul MPI, utilizați modulul disponibil. încărcare modul [modulename].
În acest caz, sunt disponibile mai multe module. În special, impi / 3, încarcă variabilele de mediu pentru a funcționa cu versiunea 3 a bibliotecii Intel MPI.
Variabilele descărcate sunt salvate în timpul sesiunii curente. Pentru a încărca automat modulele necesare atunci când reintroduceți clusterul, adăugați următoarea linie în fișierul .modules din directorul dvs. de acasă
modul de încărcare modulename
Compilarea programelor MPI
După încărcarea modulului dorit, puteți utiliza programe pentru a compila și a rula aplicații paralele (mpicc, mpicxx, mpif77, mpif90, etc.).
] $ mpicc
/home/COMMON/intel/impi/3.2.2/bin64/mpicc
Puteți compila programe cu următoarele comenzi (codul sursă în fișierul hello.c):
] $ mpicc -o hello.mpi hello.c
Cheile suplimentare de compilare, dacă acestea sunt necesare, pot fi găsite în documentația oficială a producătorilor de compilatoare.
Lansarea programelor MPI
Programele MPI pot fi pornite numai prin sistemul de procesare în șarje (a se vedea "Lucrul cu sistemul de procesare lot"). În lucrarea batch, trebuie să porniți programul cu comanda mpirun (argumentele programului mpirun sunt listate pentru biblioteca Intel MPI).
#! / bin / bash
#PBS -N hello.mpi
#PBS -A code_proiect
#PBS -l procs = 8
#PBS -l walltime = 00: 01: 00
cd $ PBS_O_WORKDIR
modul încărcare impi / 4
mpirun -r ssh -machinefile $ PBS_NODEFILE -np $ PBS_NP ./hello.mpi
În exemplul de mai sus, sunt solicitate 8 procesoare (nuclee). Durată de derulare 1 min. Variabila $ PBS_O_NODEFILE conține calea spre fișierul în care CTR scrie numele nodurilor selectate. Variabila $ PBS_NP conține numărul de procese solicitate (procs sau noduri * ppn).
Pentru a coaliza o lucrare, utilizați comanda qsub.
Trimiteți-le prietenilor: